Verwaltungstechnisch bildete Mostar seit dem Bürgerkrieg zwei Städte: die kroatische auf dem westlichen Ufer des Flusses Neretva und die bosnische auf dem östlichen Ufer. Seit 2004 gibt es eine neue Regelung, wonach die Stadt in sechs Stadtgemeinden eingeteilt ist, die aber zusammen eine Einheit darstellen.